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Cultiver l’incultivé : un enjeu en écologie microbienne

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 Animateurs : Dr Bernard Ollivier / Pr Gwenaëlle Le Blay / Dr Anne Godfroy / Dr Rémy Guyonaud / Dr Christian Janthon

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La plus grande diversité des êtres vivants est représentée par les micro-organismes (bactéries, archées, micro-eucaryotes). Alors que les biologistes ont décrit plus de 1,8 millions d’espèces de plantes et d’animaux, seule une infime fraction des micro-organismes procaryotes et eucaryotes identifiés à ce jour ont été obtenus en culture axénique. A titre d’exemple, on dénombre moins de 12000 espèces décrites au sein des Bacteria et des Archaea. Quel que soit l’écosystème considéré (des grands fonds marins au microbiote humain), le nombre de micro-organismes accessibles en culture reste très faible face à l’immense diversité mise en évidence par les méthodes moléculaires. Malgré les avancées considérables liées au développement des approches de méta-« omics », l’obtention des micro-organismes en culture (cultures clonales ou communautés) reste indispensable pour appréhender leurs compétences physiologiques et métaboliques, leur biodiversité intra-spécifique et leur rôle dans les écosystèmes.

En 2008 l’AFEM organisait à Banyuls des journées thématiques consacrées à ce sujet ; moins de 10 ans après, cette table ronde sera l’occasion de faire le point sur les stratégies mise en œuvre ou à imaginer pour cultiver l’incultivé, en ouvrant le débat aux 3 domaines du vivant (Bacteria, Archaea et (micro)Eukarya).